生信毕业论文序列分析

生信毕业论文序列分析

生信（生物信息学）毕业论文中的序列分析通常涉及对DNA、RNA或蛋白质序列的深入研究，以提取有用信息，如物种鉴定、基因预测、功能注释等。以下是序列分析的一些关键步骤和概念：

序列优化

原始数据样品区分统计

利用barcode标签区分测序数据中的不同样本。

有效序列质控及拼接

使用Trimmomatic进行低质量序列截取。

FLASH软件用于根据PEreads之间的overlap关系进行序列拼接。

OTU聚类及物种信息注释统计

OTU聚类

使用usearch中的cluster_otus命令进行OTU聚类。

物种信息注释

使用usearch中的uchime_ref命令和嵌合体数据库去除PCR引入的嵌合体。

mothur命令进行物种丰度和均匀度分析。

序列比对和分析

全局最优对比

使用Gap程序寻找两条序列间的全局最优对比结果，适用于进化相关序列。

局部最优对比